OS X Yosemite (10.10.2)にて、
OS X Yosemiteでアプリは起動しているのに、ウインドウが表示されない
という不具合が発生。
これに関連するかわからないが、
iTunesで再生中のメディア名（曲名, ポッドキャスト名など）とシークバーが表示されない
という不具合も発生。こちらはOS X Yosemite(10.10.1)でも発生していた。
これら不具合の発生時に、ターミナルから、
killall Dock
を実行し、ドックを再起動することで復旧し、正常に表示されることを確認。
発生頻度が非常に低いため、今のところはこれが確実な方法なのかは不明。また原因も不明（というか調べる気がないので何もしていない）。
今回は発生していなかったため別件かもしれないが、メニューバーの日付やWi-Fiなどのアイコンがあるあたりの直下に、3ピクセルほどの白い線がチラチラ表示されることがあるのもこれで復旧するのかしらん？